莆田市气象局的前身为福建省闽候专署中心气象站、福建省闽候专区气象区、福建省闽候专区气象台。1971年7月改称莆田地区气象台，1983年10月，莆田地区撤区建市，莆田市气象台成立，下设人秘科、业务管理科、服务科、天气预报科。1988年12月，莆田市气象台改称为莆田市气象局，下设办公室、人事科、业务管理科、服务科、天气预报科。1997年5月机构改革，下设气象台、人秘科、科技服务与产业科。2002年根据中编制委批复的《地方国家气象系统机构改革方案》和福建省气象局批复的《莆田市国家气象系统机构改革方案》，市气象局内设参照公务员管理的职能科（室）3个：办公室（人事科）、业务科技科、政策法规科；直属科级业务单位4个：莆田市气象台、莆田市气象科技信息服务中心、莆田市防雷中心、莆田市气候资源开发中心；并设立仙游县气象局、荔城区气象局、秀屿区气象局3个县（区）级气象局。1997年5月莆田市机构编制委员会同意成立“莆田市防雷监测技术中心”，人员编制核定10名，经费实行自收自支。
1978年底莆田市气象台有干部职工35人（含1979年分离出的原莆田县气象站人员）。现有在职人数35人，大学本科20人，大学专科11人，中专4人，中共党员18人，共青团员2人。离退休党员13人。
